自闭症康复机构目前孤独症的干预方法很多，大多缺乏循证医学的证据，尚无最优治疗的方案，自闭症康复机构治疗方法应该是个体化的治疗。教育训练是最有效和最主要的治疗方法。促进患者语言发育，提高社会交往能力，掌握基本生活技能和学习技能。孤独症患者在学龄前一般不能适应普通幼儿园生活，在家庭、特殊教育学校、医疗机构中接受教育和训练。自闭症康复机构学龄期以后患者语言能力和社交能力会有所提高，部分患者可以到普通小学和同龄儿童一起接受教育，部分患者可能仍然留在特殊教育学校。
目前国际上自闭症康复机构受主流医学推荐和使用的训练干预方法，为孤独症的规范化治疗提供方向，这些主流方法主要有应用行为分析疗法（ABA） 主张以行为主义原理和运用行为塑造原理，正性强化为主促进孤独症儿童各项能力发展。训练强调高强度、个体化和系统化。
孤独症以及相关障碍儿童治疗教育课程训练 该课程根据孤独症儿童能力和行为的特点设计个体化的训练内容，对患儿语言和交流以及感知觉运动等各方面所存在的缺陷有针对性地进行教育，核心是增进孤独症儿童对环境、教育和训练内容的理解和服从。
人际关系训练法 包括地板时光疗法（floor time）、 人 际 关 系 发 展 干 预 疗 法 （relationship development intervention，RDI）。
自闭症康复机构药物治疗
目前药物治疗尚无法改变孤独症的病程，也缺乏治疗核心症状的特异性的药物，药物可以改善患者的一些情绪和行为症状，如情绪不稳、注意缺陷和多动、冲动行为、攻击行为、自伤和自杀行为、抽动和强迫症状以及精神病性症状，有利于维护患者自身和他人安全、顺利实施教育训练及心理治疗。常用药物如下：中枢兴奋药物 适用于合并注意缺陷和多动症状者。常用药物是哌醋甲酯。抗精神病药物 应小剂量、短期使用，在使用过程中要注意药物副作用，特别是锥体外系副作用利培酮 对孤独症伴发的冲动、攻击、激越、情绪不稳、易激惹等情感症状以及精神病性症状有效。氟哌啶醇 对冲动、多动、刻板等行为症状和情绪不稳、易激惹等情感症状以及精神病性症状有效，据报道还可改善社会交往和语言发育的障碍。阿立哌唑、奎硫平、奥氮平等非典型抗精神病药物 在控制患者的冲动、攻击和精神病性症状也有效。
自闭症康复机构抗抑郁药物 能减轻重复刻板行为、强迫症状，改善情绪问题，提高社会交往技能，使用多巴胺受体阻滞剂后出现的运动障碍如退缩、迟发性运动障碍、抽动等也有一定效果。
目前国际上自闭症康复机构受主流医学推荐和使用的训练干预方法，为孤独症的规范化治疗提供方向，这些主流方法主要有应用行为分析疗法（ABA） 主张以行为主义原理和运用行为塑造原理，正性强化为主促进孤独症儿童各项能力发展。训练强调高强度、个体化和系统化。
孤独症以及相关障碍儿童治疗教育课程训练 该课程根据孤独症儿童能力和行为的特点设计个体化的训练内容，对患儿语言和交流以及感知觉运动等各方面所存在的缺陷有针对性地进行教育，核心是增进孤独症儿童对环境、教育和训练内容的理解和服从。
自闭症康复机构药物治疗
目前药物治疗尚无法改变孤独症的病程，也缺乏治疗核心症状的特异性的药物，药物可以改善患者的一些情绪和行为症状，如情绪不稳、注意缺陷和多动、冲动行为、攻击行为、自伤和自杀行为、抽动和强迫症状以及精神病性症状，有利于维护患者自身和他人安全、顺利实施教育训练及心理治疗。常用药物如下：中枢兴奋药物 适用于合并注意缺陷和多动症状者。常用药物是哌醋甲酯。抗精神病药物 应小剂量、短期使用，在使用过程中要注意药物副作用，特别是锥体外系副作用利培酮 对孤独症伴发的冲动、攻击、激越、情绪不稳、易激惹等情感症状以及精神病性症状有效。氟哌啶醇 对冲动、多动、刻板等行为症状和情绪不稳、易激惹等情感症状以及精神病性症状有效，据报道还可改善社会交往和语言发育的障碍。阿立哌唑、奎硫平、奥氮平等非典型抗精神病药物 在控制患者的冲动、攻击和精神病性症状也有效。
自闭症康复机构抗抑郁药物 能减轻重复刻板行为、强迫症状，改善情绪问题，提高社会交往技能，使用多巴胺受体阻滞剂后出现的运动障碍如退缩、迟发性运动障碍、抽动等也有一定效果。
