音乐在自闭症治疗机构应用的方面，有主动和被动的两种方式。就被动形式而言，音乐可以经演奏和歌唱呈现出来，也可以经由录音反复的播放。反复的听音乐对有些自闭症患者来讲，听习惯了之后，就成为生活必备一部分，当然这和自闭症固定行为特征有关。我们可以利用这样特征，到该听音乐的时候不放音乐，患者就会要求听音乐，我们就利用这个动机来要求他学习，学习后就立刻放音乐作为增强物。自闭症治疗机构有些自闭症患者情绪不稳定时候，用他喜欢的音乐使他的情绪逐渐稳定下来。也可以让他听喜欢的音乐帮忙他情绪稳定之后，接着继续教学，他做出适当的学习之后，音乐再出现，这样就可以增强所学习的内容。

　　自闭症治疗机构主动的音乐治疗，主要是透过音乐的创作和配合音乐的肢体动作来表达情绪感受。曾经有一位非常聪明的五岁自闭症孩子，他的语言能力并不是很好，可是他对音乐方面有特殊天分，他常在参加某一个活动的回家之后，弹一段钢琴表达他对这个经验情绪的感受。我们常看到孩子听到音乐就手舞足蹈，陶醉在肢体表达的艺术之中。偶尔也会对音调特别有兴趣的孩子配合做语言的教学，譬如有的孩子用一般语调去教他说话，用他喜欢的音调来说。自闭症治疗机构经由主动的音乐治疗的活动，患者对自己肢体活动和各方面能力的控制增强，他会陶醉其中得到成就感。